Omdat de urine niet goed doorstroomt, komen er makkelijker bacteriën in. Die klimmen als het ware omhoog door de urinewegen. In de opgehoopte urine kunnen bacteriën zich snel vermenigvuldigen. Daardoor geeft UPJ-stenose meer risico op een infectie in de nier: een nierbekkenontsteking.
Omdat de klachten langzaam ontstaan, vallen ze vaak niet zo op. Het gaat om klachten als vermoeidheid, buikpijn, weinig energie en minder eetlust. Het gebeurt soms dat mensen jarenlang doorlopen met een nierbekkenontsteking. In die periode kan de nier beschadigd raken.
Bij kinderen komt nierbekkenontsteking bijna niet voor. UPJ-stenose wordt tegenwoordig vaak al tijdens de zwangerschap of vlak na de geboorte ontdekt. Het kind krijgt dan van jongs af aan al begeleiding, en komt regelmatig op controle.
Langdurige druk op de nier en nierbekkenontsteking kan schade aan de nier geven. De beschadigde nier werkt minder goed. Dat hoeft geen probleem te zijn. De andere, gezonde nier gaat harder werken. Dit is lastiger als iemand al wat ouder is. Het kost de overgebleven nier dan meer moeite om alles over te nemen. Verder is het mogelijk dat iemand met maar 1 nier is geboren. Dan kan het wel een probleem zijn als de nier beschadigd raakt.
Soms ontstaat er schade aan beide nieren. Dit kan bijvoorbeeld gebeuren als UPJ-stenose bij allebei de nieren zit.
Nieren die eenmaal beschadigd zijn, gaan steeds slechter werken. Er blijven steeds meer afvalstoffen achter in het bloed. Uiteindelijk ontstaan dan ook klachten, zoals vermoeidheid en misselijkheid. Meestal gebeurt dit pas als beide nieren minder dan 30% werken.